История мужского монастыря Николо-Берлюковская пустынь берет свое начало в XVII веке. Обитель переживала различные периоды, расцвет ее пришелся на конец XIX – начало XX века. На протяжении многих лет монастырь был центром духовной жизни и успешной хозяйственной деятельности, а сложившийся великолепный архитектурный комплекс по праву можно было назвать настоящей “жемчужиной” Подмосковья.
В 1829 г. в обители была чудесным образом обретена икона «Лобзание Христа Спасителя Иудою», ставшая главной святыней Николо-Берлюковской пустыни. На поклонение к ней стекались тысячи паломников, жаждущих исцеления от ран телесных и душевных.

При монастыре действовал подземный Иоанно-Предтеченский скит, в котором по примеру первых христианских подвижников несли свои молитвенные подвиги старцы в кельях, устроенных в природных пещерах.

В 1920 году монастырь был закрыт, а в 1930 году богослужения прекратились в последнем храме, действовавшим уже как приход. Здания были заняты домом инвалидов Красной Армии, в дальнейшем на территории была образована туберкулезная психиатрическая больница.

Положительные перемены для обители наступили лишь в XXI веке. В 2004 году Церкви были переданы храм Христа Спасителя, монастырская колокольня и территория кладбища, где располагался пещерный скит. В стенах обители была возобновлена монашеская жизнь. В 2015 году все здания, ранее занимаемые психиатрической больницей, были переданы Николо-Берлюковской пустыни. В настоящее время ведутся ремонтно-восстановительные работы по возвращению монастырскому комплексу его первоначального облика.

В 1829 году Николаевская Берлюковская пустынь обрела великую святыню — чудотворную икону «Лобзание Иисуса Христа Иудою». Событие это произвело на современников неизгладимое впечатление и превратило Берлюковскую пустынь, которую до того мало кто и знал, в одну из почитаемых в Московской губернии обителей.

Нескончаемым потоком потянулись сюда тысячи и тысячи людей для поклонения чудотворному образу Спасителя. Шли за исцелением от телесных и душевных ран, шли за духовным прозрением, шли и получали по вере своей.

Непосредственно о самом чуде обретения иконы мы узнаем из «Сказания об основании Николаевской Берлюковой пустыни и о существовании оной до сего времени», написанного послушником Василием Розановым в 1854 году по благословению настоятеля пустыни архимандрита Венедикта (Протопопова). Послушник Василий Розанов пишет, основываясь на свидетельствах некоторых из братии, пришедших в обитель до 1829 года, таких, как, например, братский духовник иеромонах Феодорит (он пришел в пустынь в 1827 году):

В пятнадцати верстах от обители в казенном селе Кудинове женщина, солдатка Татьяна Ивановна Кузнецова, страдала глазною болезнию более двадцати лет; и уже совершенно лишена была зрения, все средства хитрости человеческой остались тщетны при оказании помощи этой несчастной…

Мы заботимся и наших близких в надежде, что губительное поветрие не нанесёт им вреда. Что все напасти века сего обойдут их стороной.

Для этого мы подаём записки в алтарь. Но сейчас это сделать непросто. Для этого на сайте нашего монастыря добавлена возможность подавать записки как за здравие, так и за упокой души, ушедших наших родственников и друзей.

О битель Святого Николая Чудотворца возникла при пещерах и заняла обширную территорию леса над ними. Скорее всего, в то время в обители было два храма: пещерный во имя Святого Иоанна Предтечи и Святителя Николая Чудотворца на месте сброшенных языческих истуканов. Рядом располагалось поселение Берлино, благодаря чему обитель и стала называться Свято-Николаевская Берлинская пустынь (скит).

Обретение в монастыре иконы “Лобзание Иисуса Христа Иудою” и последущие многочисленные исцеления от сего образа вызвали большой приток боголольцев и паломников в обитель. Монастырский Троицкий собор в котором находился чудотворный образ не вмещал всех желающих и молящиеся были вынуждены стоять вне храма. Такая ситуация натолкнула на мысль Московского купца и близкого друга настоятеля Венедикта Афанасия Емельяновича Щекина о возведении нового соборного храма во имя чудотворной иконы Спасителя.

Каменная трехпрестольная церковь во имя Живоначальной Троицы была поставлена на месте старой обветшалой церкви в 1786 году по плану утвержденному лично архиепископом Московским Высокопреосвященным Платоном (Левшиным). Зимний собор во имя Святой Троицы с пределами Николая–Чудотворца и Мученика Мины. В ней имелось три престола: средний — во имя Святой Троицы; левый — во имя Святого мученика Мины; правый — во имя святителя Николая Чудотворца. В этот храм перенесли 16 июня 1829 года чудотворную икону “Лобзание Христа Иудою” из пекарни.

В октябре 1844 года игумен Венедикт подал прошение митрополиту Московскому и Коломенскому Филарету о построении на западной стороне монастыря двухэтажного каменного корпуса с церковью. Церковь предпологалось заложить на месте, где в 1829 году была обретена чудотворная икона “Лобзание Иисуса Христа Иудою”.