За свою более чем четырёхсотлетнюю историю святая обитель пережила периоды расцвета и запустения, сожжение дотла и восстание из пепла, упразднение и возобновление монашеской жизни. Новый этап возрождения Николо-Берлюковской пустыни начался в 2002 году. За 14 лет трудами настоятеля монастыря игумена Евмения Лагутина с братией и благотворителями монастырь заметно преобразился и теперь, как и в былые времена, несёт свет, надежду и веру.