Расцвет и упразднение
В 1855 году территория монастырского леса, расположенного над пещерами с храмом во имя Казанской иконы Божией Матери и монастырским кладбищем была обнесена деревянным забором.В 1858 году при настоятеле монастыря иеромонахе Парфении (Агееве) рядом с Казанским храмом был выстроен деревянный на каменном фундаменте братский корпус, для братии, желающей более строгого подвижнического образа жизни.
Строительство каменного храма во имя Собора Предтечи и Крестителя Господня Иоанна началось в 1861 году.В 1861 году к настоятелю монастыря иеромонаху Иосифу (Иванову) обратился Московский купец Никита Васильевич Щенников и объявил, что желает он устроить во обители церковь во имя Святого Иоанна Крестителя Господня: «… на юго-западной стороне, за оградою монастыря внизу горы, покрытой еловым и сосновым лесом, с двумя при ней келиями»1 .
Никита Васильевич стал купцом в 1851 году. Справочная книга о лицах, получивших купеческие свидетельства (на 1872 год) в разделе «Купцы 2-й гильдии» о Н.В.Щенникове сказано:
Иоанно-Предтеченский скит, 1868 год
На строительство храма Никита Васильевич пожертвовал три тысячи рублей серебром. Свое желание устроить храм на пещерах, Никита Васильевич объяснил неоднократными сновидениями, в которых являвшейся ему Иоанн Предтеча, самолично указал на это Божие веление. Строительство храма велось с 1861 по 1864 годы по проекту известного архитектора Николая Ильича Козловского.
Николай Ильич Козловский родился в 1791 году в Москве в дворянской семье. В марте 1802 года поступил в архитектурную школу Экспедиции кремлевского строения учеником 3-го класса с чином подканцеляриста. В декабре 1808 года получает чин коллежского регистратора. С мая 1815 года определен в Комиссию строений в Москве архитекторским помощником. В марте 1832 года получил звание архитектора. Работал в Пятницкой, Якиманской, Городской, Серпуховской, Хамовнической, Арбатской и Пресненской частях Москвы, а также сочинение фасадов для обывательских построек в Звенигороде, Можайске, Серпухове, Богородске, Коломне, Бронницах и Воскресенском посаде. С 1852 года старший архитектор и член Правления 4-го округа путей сообщений и публичных зданий в Москве. В 1857 году избран почетным вольным общником Императорской Академии Художеств. Скончался 12 мая 1878 года в Москве в чине действительного статского советника. Похоронен на территории Московского Донского монастыря.
В 1864 году по рисунку архитектора Н.И.Козловского на Сибирском Каслинском заводе был изготовлен чугунный вызолоченный иконостас весом 180 пудов с иконами на меди. Иконостас был изготовлен на пожертвования Никиты Васильевича и его супруги Маргариты Григорьевны Щенниковых и обошелся в тысячу рублей серебром.
Окончательная отделка храма была довершена весной 1865 года. Храм был освящен 15 ноября 1865 года настоятелем монастыря иеромонахом Исайей (Морозовым).
Храм имел фасадную часть, выходящую на реку Ворю, алтарная же его часть была пещерной и была устроена на месте кельи схимонаха Макария. В 1867-1868 годах при настоятеле монастыря игумене Ионе (Белобородове) был выстроен каменный келейный корпус, соединенный с пещерным храмом и пещерами. Над источником схимонаха Макария был устроен гидропульс для поднятия воды. Рядом с храмом, имелся отдельный вход в пещеры, которые усердно посещались богомольцами. Над входом в пещеры находился образ святителя Николая Чудотворца и стихи, написанные в память старца Макария.
Здание храма представляло собой кубический объем с четырехскатной кровлей, на которой возвышалась одна глава на высоком восьмигранном основании с крестом наверху.
План Иоанно-Предтеченского скита, 2-ая половина XIX века
Таким образом, к 1868 году полностью был обустроен пещерный скит при Николаевской Берлюковской пустыни. Скит имел два храма (каменный во имя Собора Предтечи и Крестителя Господня Иоанна и деревянный во имя Казанской иконы Божией Матери) и два келейных корпуса (каменный, пристроенный к храму во имя Собора Предтечи и Крестителя Господня Иоанна и один деревянный, расположенный рядом с храмом во имя Казанской иконы Божией Матери). На площади, перед входом в храм во имя Собора Предтечи и Крестителя Господня Иоанна был устроен еще один святой источник, над которым была выстроена деревянная сень.
В 1869 году, при настоятеле монастыря игумене Ионе (Белобородове) были изданы две литографии (А.В.Морозова и И.А.Белобородова), на которых вместе с монастырем был изображен и пещерный скит.В разные годы насельниками Иоанно-Предтеченского скита были многие известные Берлюковские старцы, среди которых особо хотелось бы выделить пострижеников Святой Горы Афонской иеросхимонаха Порфирия и схимонаха Сосипатра. Они прибыли в обитель при настоятеле отце Парфении, оба были с ним хорошо знакомы, стали насельниками обители.
Но история скита не была долгой. Жительство в келейных корпусах, а также пещерожительство просуществовало до середины 1870-х годов, когда в результате жесткой политики настоятеля пустыни иеромонаха Нила (Сафонова) было ликвидировано.
Большинство насельников, придерживающихся крайне аскетических взглядов, были вынуждены покинуть пустынь. Так один из самых уважаемых насельников скита, исполнявший послушание братского духовника иеросхимонах Порфирий в 1872 году был вынужден оставить обитель и перейти на жительство в Серпуховской Высоцкий мужской монастырь. Покинул монастырь и схимонах Сосипатр.
Отец настоятель Нил, придерживающийся отрицательных взглядов на пещерожительство, проводил политику, направленную на создание мощного общежительного монастыря. Поэтому историю скита можно ограничить 1840-1870 годами.
Храм с келейным корпусом просуществовал до конца 1950-х годов, когда обрушился в результате разбора его стен местными жителями.