Начало XX века
В 1902 году пустынь возглавил игумен Тимолай. Он прошел длительный монашеский путь. Был много лет в Почаевской Лавре, членом ее Духовного Собора, бывал в паломничестве на Афоне, потом был духовником Московской Духовной Академии, духовником в Троице-Сергиевой Лавре у приходящих богомольцев. Много потрудился он и в Берлюковской пустыни, энергично продолжил дело строительства. Выстроил новый корпус для братии, провел в обитель водопровод, выстроил из вековых сосен новый Казанский храм на кладбище, в 1909 году его освятил митрополит Московский Владимир.
Близко было уже время испытаний. И выпало оно на долю двух последних настоятелей пустыни. С 1909 года управление пустынью принял на себя иеромонах Петр. Эта личность столь высока, что пока в полной мере увидеть и осознать его жизнь и подвиги не возможно.
Это было очень трудное время для обители, требовало оно от настоятеля огромной воли, энергии и силы духа. Отец Петр всем этим обладал. С неимоверной быстротой увеличивалось людское горе, страна напрягала все свои силы в борьбе с очень сильным врагом. Первая Мировая война принесла большое количество тяжелейших проблем. Беженцы, хлебнувшие много горя, потерявшие свои дома и сбережения, дети, оставшиеся без родителей, раненые и изувеченные воины, люди, прошедшие все ужасы войны. В обитель приходило множество писем с просьбами, прошениями, мольбой о помощи. Практически каждый день регистрировались в журналах входящих бумаг такие прошения. И каждый день приходили указы от благочинного монастырей с указаниями кому надо оказать помощь. Приходили воззвания и обращения от различных обществ, с просьбами внести свою лепту. Одно лишь перечисление этих обществ может занять целую тетрадь. Это Красный крест, Марфо–Мариинская обитель в Москве, Общество помощи слепым, Спасения на водах, Всероссийский Земский союз и многие другие. Шла постоянная финансовая помощь фронту. Целыми сотнями пудов закупалось зерно и овес, огромными партиями оплачивались медикаменты, закупаемые у К.И.Феррейна для нужд армии. Начиная с первых дней войны, обитель ежедневно отправляла на станцию Щелково подводы с молоком для рабочих, трудившихся для нужд фронта.
На протяжении многих лет своей истории пустынь принимала очень деятельное участие в большой беде — пьянстве. Пустынь была большой духовной больницей по лечению этого недуга. В ней на полном иждивении проживали люди, страдающие этой страстью. Архив пустыни сохранил до наших дней сотни имен таких поселенцев. Особенно выделялись на этом поприще настоятели Венидикт, Адриан, Тимолай и Петр. Их опыт в этой проблеме был огромный.
Игумен Петр был почетным членом Богородского общества трезвости. Он старался нести свет любви Господней, слово душевной радости, кротости, смирения и утешения страждущим душам. Принимала участие пустынь и в делах детской преступности. Частыми гостями обители были дети из неблагополучных семей, приютов, вставшие на путь нарушения закона. На их спасение и вразумление прилагала братия большие силы и средства.
Крестный ход с чудотворной иконой “Лобзание Иисуса Христа Иудою”
К началу XX века пустынь имела огромное и прекрасно отлаженное хозяйство и очень большая часть его даров шла людям. Большое попечение имела пустынь о церковно–приходских школах. Многие настоятели и иеромонахи отмечены были наградами и наперсными крестами за эти труды. Все это обитель делала из года в год, целенаправленно и планомерно. Помогала она и другим монастырям. В обитель приезжало большое количество паломников, особенно в дни празднования Чудотворной иконы «Лобзание Иисуса Христа Иудою» и Николая Чудотворца. Всем предлагался ночлег, трапеза и чай с угощениями. В обитель приходили многотысячные крестные ходы, приезжали целые группы из различных приютов и обществ. Есть письма от их руководителей, священников полные слов благодарности за тот радушный прием и теплоту при нахождении в обители. Игумен Петр был инициатором больших крестных ходов с чудотворной иконой Спасителя.