XVIII век. Временное упразднение
После смерти 15 октября 1700 года Патриарха Адриана, местоблюстителем Патриаршего престола император Петр I назначает епископа Рязанского Стефана (Яворского). В этом же году церковные земли храма Николая Чудотворца отошли к угодьям Московского Чудова монастыря. На жительство в обитель были присланы несколько человек братии под начальством настоятеля Пахомия. Вскоре нашелся боголюбивый мирянин, купеческий человек Викул Мартынов, изъявивший желание выстроить вновь храм во имя Николая Чудотворца. На строительство храма был выдан указ Московской Духовной Дикастерии за подписью архимандрита Златоустовского монастыря Антония.
В 1719 году встречается интересное сообщение в резолюции Преосвященного митрополита Стефана Яворского по делу о построении вновь церкви во имя Иоанна Богослова на месте часовни, приписанной к Николаевской Берлюковской пустыни, — где сказано: «дать указ против челобитья о строении и освящении церкви Божии и антиминс выдать, устроения той церкви быть монаху Питириму, токмо с благословения Николаевской пустыни строителя Василия».
Может быть, этот строитель Василий и был тот самый Викула Мартынов. Таким образом, в 1719 году церковь Николая Чудотворца была уже обителью. Вскоре обитель была отчислена от Чудова монастыря и приписана к Стромынскому Успенскому. Настоятелем обители назначается иеромонах Диодор. Сегодня в обители от этих времен чудесным образом сохранился колокол, отлитый при настоятеле Диодоре.
В октябре 1731 года новым строителем пустыни стал иеромонах Иосия (Самгин). Он происходил из древнего купеческого рода. В 1708 году поступил в Саровскую пустынь и в 1711 году был в ней пострижен. Поручителями Иосии были царевны Мария и Феодосия сестры Петра Великого. Это был истовый аскет и бесстрашный защитник православия. Особенно отрицательно относился Иосия ко всему иностранному. Не одобрял он и западного влияния на православие. Всегда ставил всем в пример преподобных киево–печерских отцов и их твердость в вере. Был дружен с московскими юродивыми, жившими во дворце царицы Прасковьи Федоровны. В 1730 году он уходит в пустынную келью, находившуюся в лесу в нескольких верстах от монастыря. Здесь им образуется небольшой скит, где поселяются некоторые братии. Его уход был обусловлен тяжелой болезнью.
Диодоровский колокол, 1721 год
В 1731 году он получил указ о назначении его в должность настоятеля Николаевской Берлюковской пустыни. Вместе с Иосией прибыла часть Саровской братии. Так Промысел Божий соединил воедино эти две великие обители. Иеромонах Иосия стал духовным отцом многих известных деятелей своей эпохи: Анастасии Ермиловны Матвеевой, семей Долгоруких и Одоевских, а также Алексея Васильевича Макарова — действительного тайного советника и бывшего канцлера Петра Великого. Строитель Иосия мудро вел братию по пути спасения и не боялся голоса правды, где это требовалось в защиту православия и монашества, и Господь попустил ему тяжкий путь страданий за веру.
Правление императрицы Анны Иоановны отличалось большим тяготением ко всему иностранному. Иосия бесстрашно обличал это положение в государстве. «Ныне, как видно, почитай, многие знатные персоны в научения странна и различно уклонилися». Эти слова показывают, что о. Иосия был истинным патриотом, он не боялся резко и жестко выступать во имя правды. Совершал настоятель и постриги в монашество, не отказывая желающим восприять ангельский образ.
В апреле 1734 года строитель иеромонах Иосия был отрешен от должности и выслан на Камчатку на поселения вечныя, с ним вместе в гонения было отправлено несколько человек братии. Остальные были распределены по монастырям, а пустынь закрыта высочайшим указом. Незадолго до этого один из братии скажет великие слова: «Бог милостив, иногда по падении будет и возстание, да еще такое, что паче прежнего».
В 1742 году настоятель Саровской пустыни иеромонах Досифей в одном из своих писем написал об отце Иосии:«… жительство он имел многолетнее в добродетельном житии и безпорочно и нерушимо». Вплоть до 1775 года документы о монастыре носят обрывочный характер. В 1771 году Московская консистория вынесла постановление: