Архимандрит Венедикт (1829-1855)
29 июля 1829 года на должность настоятеля пустыни был назначен иеромонах Венедикт (Василий Семенович Протопопов). Будучи человеком решительным и деятельным отец Венедикт сумел приобрести участие и доверие, как митрополита Московского Филарета, монастырской братии, так и окрестных жителей. Время настоятельства отца Венедикта стало эпохой большого строительства в монастыре.
С 1830 по 1832 год шло строительство каменного келейного корпуса «…в коем устроено шестнатцать келий…печи с лежанками изращатыя…», а с 1832 по 1833 год в городе Москве, за Большим Каменным мостом, была выстроена новая каменная часовня с каменным корпусом «…над часовней крест и яблоко медные вызолочены». При сей часовне во имя святителя Николая Чудотворца, было устроено подворье.
В 1834 году, после опустошительных пожаров в городе Богородске, граждане прибегли к заступничеству небесному и просили принести чудотворную икону Спасителя из Берлюковской пустыни. Святейший Синод разрешил, и икона участвовала в большом крестном ходе 1 октября 1834 года в день Покрова Богородицы. Так было положено начало Берлюковских крестных ходов с утверждения Святейшего Синода и благословения митрополита Московского и Коломенского Филарета. Настоятель иеромонах Венедикт с самого начала возглавил большую работу в монастыре по прославлению и составлению всех описаний обретения иконы, и чудотворений от образа. С 1829 года при большом участии митрополита Филарета отец Венедикт составил подробное документальное описание всего, что происходило в пустыни знаменательного и касалось чудотворного образа. Тщательно с большой точностью он записывал все происходящее, все случаи исцелений, подписывая эти бумаги с собором монастырских старцев. В дальнейшем настоятель иеромонах Венедикт положит много усилий на устроение крестных ходов, расширит их географию до соседних уездов.
С августа 1835 года в пустыни начинается строительство соборного храма во славу чудотворного образа Спасителя. Инициатором, благодетелем и меценатом строительства выступит московский купец Афанасий Емельянович Щекин. С благословения митрополита Филарета иеромонах Венедикт выпустил «Воззвание к православным христианам любящим благолепие храмов Господних», в котором говорилось:
Святитель Филарет, митрополит Московский
Храм Христа Спасителя, проектный эскиз
Во время строительства храма отец Венедикт благословляет ношение чудотворной иконы по всем местным уездным храмам для того, чтобы все желающие могли поклониться сему образу. С 1835 по 1837 год ведутся работы по сооружению каменного корпуса для трапезы с поварней, пекарней и кельями. В мае 1840 года начинается сооружение храма над святыми воротами пустыни во имя Василия Великого, оконченное на деньги оставшегося неизвестным благотворителя в том же 1840 году «…На ней глава из белаго железа, крест, яблоко, репьи и ложка под главою вызолочены по кремень на меди». Вместе с сооружением храма была выстроена новая каменная ограда монастырская с восточной и северной стороны. 19 сентября 1840 года «Строитель Венедикт в уважение трудов, успехов и благостроении Обители и братства произведен во игумена…».
В 1828 году в пустынь пришел Макар, крепостной человек московских купцов Куманиных, за добрую жизнь, отпущенный на волю. В 1837 году он был пострижен в монашество с именем Афанасий, а 9 марта 1841 года в Троицком храме пустыни пострижен в схиму с наречением имени Макарий. Духовный советник настоятеля Венедикта, схимонах Макарий много потрудился над делом строительства храма Христа Спасителя. Имея репутацию наичестнейшего человека, знал многих представителей купечества в городе Москве. Эти знакомства способствовали большим пожертвованиям на строительство храма династий Куманиных, Лепешкиных, Желудевых и Морозовых. Многие представители этих династий вступили в братство пустыни. В свободные часы он копал пещеры на берегу над рекой Ворей у обители. Там схимонах Макарий чудесно обрел святой источник, устроил несколько келий и последние годы часто там находился. Много людей приходило к нему за советом, всех он принимал, утешал, наставлял. Скончался схимонах Макарий 1 апреля 1847года.
Октябрь 1844 года ознаменовался началом построения храма во имя Всех Святых на месте явления чудотворной иконы Спасителя с каменными больничными и настоятельскими кельями. «Братская деревянная трапеза с пекарнею, пришедшая в совершенную ветхость, в которой прославилась Чудесами Икона Христа Спасителя, в память сего благодатного события, устроена церковь во имя Всех Святых… ежедневное чтение по усопшим кладчикам чтение Псалтири…».
В 1848 году завершилось строительство холодного собора во имя Христа Спасителя. Каменный 36 – метровый «храм о пяти главах, из коих средняя вызолочена на меди под кремень, крест и яблоки чрез огонь, а четыре главы из белаго железа… ступени и амвон из белаго камня. Собор покрыт железом… олтарь, купол и своды расписаны живописью и арабесками, стены покрыты колером…». Храм был в 1848 году освящен митрополитом Филаретом. В 1851 году начата и окончена колокольня «для большаго колокола…в 1005 пуд…и при ней ограда с западной стороны…». На большом колоколе в 1005 пудов была сделана надпись «Устроен в царствование Благочестивейшего Государя Императора Николая Павловича Самодержца Всероссийского и по благословению Его Высокопреосвященства Филарета митрополита Московского при игумене пустыни Венедикте 1851 года октября 3 дня». В том же 1851 году окончилось формирование большой гостиницы для паломников с магазином и лавкой для потреб богомольцев и духовных нужд.
В 1852 году была полностью перестроена часовня во имя святителя Николая Чудотворца в городе Москве на Немецком рынке с каменным домом и кельями. 29 июня 1853 года митрополитом Филаретом была освящена достроенная на жертвы купца Федора Федоровича Набилкова церковь во имя Всех Святых. Церковь Всесвятская «каменная, одноглавая, с шатрообразным куполом и с хорами, на кои ход из настоятельских келий; в ней иконостас двухъярусный, покрытый тюлем и вызолоченный на полимент с резьбой…».
Игумен Венедикт в 1853 году возведен в сан архимандрита, а в декабре сего года начались большие ремонтные работы в храме Казанской иконы Божией Матери. Был перебран иконостас в храме, проведены большие работы по благоустройству территории монастырского леса, где была расположена Казанская церковь и где находились старческие пещеры для молитвенного предстояния:
Эти работы в монастырской роще, стали последними крупными работами при неутомимом отце настоятеле. 1 июня 1855 года архимандрит Венедикт отошел в вечность и был погребен в склепе своего детища, под собором Христа Спасителя.